La Chapelle est organisée en association, conformément aux exigences juridiques et administratives qui régissent la vie associative. Son fonctionnement est défini selon ses statuts et dispositions générales, qui servent la vie et les activités de l’église.

Son Assemblée Générale (pourvue d’un Bureau) approuve les grandes orientations et décisions, proposées par le Conseil Pastoral composé de la  pasteure et des Anciens à ses côtés.

Le Conseil Pastoral est entouré du Conseil d’Église, qui représente les divers dicastères actifs tels que : la commission bâtiment, la gestion – comptabilité, la mission, l’enfance, le réseau de contacts inter-églises,…

Le fonctionnement et le soutien financier de l’église est totalement autonome, indépendant de l’État, selon les dons libres de ses membres et amis.

La Chapelle est membre de la Fédération Romande des Églises Évangéliques (la FREE compte une cinquantaine d’églises locales en Suisse Romande).

Un superviseur / conseiller de la FREE suit le Conseil Pastoral de l’église et la communauté dans ses grandes orientations.